شهرستان قائنات در شمال استان خراسان جنوبی قرار گرفته‌است. این شهرستان از شمال به شهرستان‌های خواف و گناباد از استان خراسان رضوی، از غرب به شهرستان سرایان و از جنوب به شهرستان بیرجند محدود شده و از جانب شرق، مرزی به طول تقریبی ۱۳۰ کیلومتر با کشور افغانستان دارد.
مساحت این شهرستان بالغ بر ۱۷٬۷۲۲ کیلومتر مربع می‌باشد. شهرستان قائنات، براساس آخرین تقسیمات کشوری مشتمل بر ۵ بخش و ۱۳ دهستان بوده و ۳۷۳ روستا و ۱۲۹۳ آبادی خالی از سکنه دارد. فاصله غربی‌ترین تا شرقی‌ترین در امتداد خط مستقیم ۲۲۵ کیلومتر و از شمال به جنوب ۹۰ کیلومتر و با شکل متناسب یک مستطیل که از استانهای قم، کهکیلویه و بویر احمد، چهار محال و بختیاری و گیلان بزرگتر می‌باشد.
مرکز این شهرستان شهر قائن که برروی دشتی به همین نام می‌باشد. شهر قاین در مسیر بزرگراه آسیای مشهد به زاهدان تا مرز افغانستان ۱۸۰ کیلومتر فاصله داشته و از سطح دریا ۱۴۴۰ متر بلندی دارد و از دو شهر بیرجند و گناباد فاصله‌ای مساوی ۱۰۵ کیلومتر در ۳۷۲ کیلومتری جنوب مشهد و از تهران ۱۳۰۰ کیلومتر فاصله دارد.[۶]
رشته کوه قهستان در غرب و شاسکوه و آهنگران در شرق آن سر به آسمان سوده و بلندترین قله منطقه کمر سرخ با ۲۸۴۲ متر در نیم بلوک و پست‌ترین نقطه با ۶۱۰ متر در پترگان قرار دارد.